Podniebny pojedynek
Mata Nui nie spoczął od czasu, kiedy pokonał przywódcę wojowników Skrall Tumę i przyczynił się do zjednoczenia Glatorian i Agori na Bara Magna. Wciąż realizuje misję uwolnienia swojego ludu spod jarzma złego Makuty. Mata Nui wędruje na północ, gdzie odnajduje starożytną fortecę Wielkich Istot — swoich stwórców. W fortecy Mata Nui odkrywa źródło mocy tak potężnej, że pozwoliłaby ona przywrócić życie mniejszej istocie znalezionej na Bara Magna.
Mata Nui przekonuje Raanu, przywódcę Agori, by ten pozwolił mu użyć istoty z Bara Magna do ocalenia swojego ludu i wypełnienia przeznaczenia. Agori niechętnie opuszczają swoją nową megaosadę, która na krótki czas stała się ich domem i pozwalają Mata Nui naprawić i wskrzesić istotę. W samą porę — odległy Makuta, który wyczuł nowe zagrożenie, opuszcza morską planetę i w postaci wielkiego stwora przybywa na Bara Magna, aby ostatecznie pokonać Mata Nui.
Dwie kolosalne istoty, z których jedna mieści w swym wnętrzu tysiące Matoran i Toa, stają do walki ponad chmurami, podczas gdy osadnicy i wojownicy na ziemi pierzchają. Glatorianie i Agori muszą stawić czoła nowym zagrożeniom: armii żółtych Rahkshi, wojownikom Piraka i wojownikom Skrall pozostałym po ataku.
Tymczasem Toa Tahu i jego przyjaciel Takanuva, Toa Światła, zdołali uciec z wnętrza ogromnego robota Makuty i skontaktować się z Glatorianinem Greshem na powierzchni Bara Magna. Przyłączają się do walki z bezlitosnymi wojownikami Makuty, którzy mają jednak ogromną przewagę liczebną. Maska Życia, sprzymierzeniec Mata Nui w walce przeciwko Makucie, pomaga Tahu powrócić do pierwotnej postaci, dzięki czemu może on przywdziać potężny pancerz, który pozwoli zatrzymać Rahkshi. Zanim jednak Tahu udaje się zebrać wszystkie sześć elementów pancerza, część z nich zostaje skradziona!
Bitwa trwa w powietrzu i na ziemi. Tahu wraz z przyjaciółmi desperacko poszukują elementów złotego pancerza, które pozwolą przechylić szalę zwycięstwa w starciu naziemnym na ich stronę. Tymczasem w powietrzu Mata Nui zmaga się z dużo większym i potężniejszym przeciwnikiem kontrolowanym przez Makutę. Przeznaczenie Mata Nui może się wypełnić dopiero po pokonaniu Makuty, ale czy starczy mu sił, by zwyciężyć wroga i uzdrowić planetę?