Opgør i luften
Mata Nui har haft travlt, siden han besejrede Skrall lederen Tuma og hjalp med at forene Glatorianere og Agorier på Bara Magna. Hans mission for at befri sit folk, der holdes som slaver af de onde Makutaer, fortsætter, mens han rejser mod nord. Der finder han et ældgammelt fort, som en gang tilhørte hans skabere, de Store Væsener. Indenfor opdager Mata Nui en energikilde, der er så kraftig, at den kan få liv i den mindre robot, der blev fundet på Bara Magna.
Mata Nui overtaler Raanu, lederen af Agori folket, til at lade ham bruge Bara Magna robotten til at redde sit folk og opfylde sin skæbne. Modvilligt forlader Agorierne deres nye kæmpelandsby og ser til, mens Mata Nui reparerer og rejser den robot, der udgjorde deres hjem i et kort stykke tid. Og det er i sidste øjeblik! Langt væk fornemmer Makuta den nye trussel, og han forlader havplaneten og flytter sin kæmpestore robotform til Bara Magna for at knuse Mata Nui én gang for alle.
To enorme robotter – én fuld af tusindvis af Matoranere og Toaer – er klar til et opgør over skyerne, mens landsbybeboere og krigere farer forvildet rundt på jorden. Der er nye trusler mod Glatorianere og Agorier: De angribes af flokke af gule Rahkshier, Piraka krigere og tilbageblevne Skrall’er.
Samtidig lykkedes det Toa Tahu og hans ven Takanuva, Lysets Toa, at undslippe fra det indre af kæmperobotten Makuta og kontakte Glatorian Gresh på Bara Magnas overflade. De prøver at hjælpe med at bekæmpe de nådesløse krigere, som Makuta har sluppet løs, men de er håbløst i undertal. Livets Maske hjælper Mata Nui i kampen mod Makuta, men får også tid til at hjælpe Tahu ved at forvandle ham til sin oprindelige form, så han kan iføre sig den mægtige rustning, der vil sætte en stopper for Rahkshiernes fremmarch. Men inden Tahu kan samle alle seks dele, blive nogle af dem stjålet!
Kampene bølger frem og tilbage, både i luften og på jorden. Tahu og hans venner leder desperat efter den gyldne rustning, der kan vende krigslykken på jorden. Højt oppe i skyerne kæmper Mata Nui i den mindre robotkrop mod den meget større og stærkere robot, der kontrolleres af Makuta Teridax. Hans endelige skæbne kan kun opfyldes, hvis han besejrer Makuta – men har han kræfter nok til både at besejre sin fjende og helbrede en planet?